醫院凈化工程是醫療專項設計的重要組成部分，在整個設計階段也占有重要地位。在上海市人民醫院改擴建工程中，凈化工程的主要設計和施工范圍為三層潔凈手術部、中心供應部和四層潔凈手術部，主要設備布置在五層裙房。
在土木工程階段，在凈化工程專業分包干預之前，土木工程設計單位已開始確定床位數、手術室數量、等級等關鍵指標，嚴格遵循相關規范和流程，符合醫院的使用習慣和要求，同時適合項目建筑設計的外部約束條件和建筑設計意圖、清潔手術部、供應中心這兩個凈化區土木工程專業設計。
其中，在建筑設計中，特別是平面設計中，建筑師結合項目的實際特點，與醫院確定了以下設計原則。
(1)病人、醫療、物流與現有院區相連的原則。
作為現有院區的補充和擴展，本項目的任何功能都是與現有功能密切相關的有機體。因此，潔凈手術部和中心供應的設置和設計需要與現有院區的功能和流線有關。
根據這一原則，建筑師將這兩個功能塊設置在三層和四層，并通過走廊與現有的醫院區域連接起來。其中，三層為醫療、物流連接口，四層為外科患者連接口。整個凈化區的后續內部設計以這兩個連接口為中心，圍繞患者、醫療、物流三大流線進行內部平面設計。
(2)清潔手術部上下兩層，設置清潔電梯、樓梯的原則。
本項目土地緊張，包含保留建筑，裙房面積狹窄，僅一層遠不能滿足項目建議書和可行性研究報告確定的手術室數量，上下布局是不可避免的選擇。為此，建筑師專門設置了兩部凈化電梯，一部作為患者與清潔物流之間的垂直交通聯系，另一部作為衛生通過后兩層之間的垂直交通聯系。垂直交通與水平流線相結合，形成滿意度“潔污分流”所需的立體流線系統。
(3)中心供應與清潔手術部同層，設置清潔、污染電梯的原則。
項目中心的供應不僅服務于清潔手術部門，還服務于塔樓的病房和整個現有的醫院區域。但考慮到中心供應與清潔手術部門的醫療技術密切相關，高效實用的要求更高，兩者仍在同一層。
根據上述原則，建筑師形成了相對成熟、高可實施性的凈化工程區域布局，作為后續專業分包深化設計的原則、依據和基礎。在土木工程設計與專業分包合作過程中，各方也達成了以下設計原則，有利于項目的推廣。
(4)土建設計成果應合理、成熟、適用。
專業分包的進入并不意味著土木工程設計可以少做甚至不做特殊設計。相反，土木工程設計應為專業分包的深化設計提供完整的基本條件和設計結果，以更好地控制專業分包的設計和施工質量、進度和成本。以此為目標，建筑師領導土木工程專業工程師團隊，在土木工程設計階段形成了完整的凈化工程設計結果。該結果不僅符合建筑設計的相關規范，符合建筑師的設計意圖，滿足醫院的使用需求，而且達到了深化設計的深度。凈化工程專業分包招標文件的形成，很好地控制了專業分包招標過程和中標人后續的深化設計過程。
(5)土建設計預留專業分包條件。
凈化工程專業分包作為設計施工一體化的分包商，其設計結果與設施設計院后續招標采購的各種設備和醫療設備密切相關。因此，在土木工程設計階段，需要為這些未確定因素提供的預留條件。本項目土木工程設計建筑師和工程師通過以往的工程經驗，結合醫院以往的使用經驗，對凈化區域的荷載、設備基礎、懸掛、預埋、孔洞、板等相關因素進行了預估、預留和預設，確保后續采購的產品能夠與土木工程設計無縫銜接。